1.      مركزية التمويل لجميع المشروعات بالقطاع الصحي بالمحافظة

2.      تعديل اللائحة 239 لسنة 97 التي لاتتناسب مع المعطيات والمتغيرات مالياً وإدارياً وتعوق تأدية الخدمة وجودتها .

3.      المشروعات المتعثرة في القطاع العلاجي وهي :

ü      مركز دراسات وابحاث الكبد بههيا وهو ضرورة ملحة لحاجة المحافظة لهذا التخصص .

ü      مبني الطواريء بمستشفي فاقوس المركزي .

ü      المبني الجديد لمستشفي كفر صقر المركزي .

ü      مبني الحروق بمستشفي ههيا المركزي .

ü      المبني الجديد لمستشفي طب وجراحة العيون .

ü      المبني الجديد لمستشفي الزوامل المركزي .

4.   العجز في القوي البشرية خاصة في التخصصات الحرجة مثل ( حراجات المخ والاعصاب – العناية المركزة – العظام – التخدير – الطواريء – الباطنة العامة – جراحات القلب والصدر )

5.   العجز في العمال وذلك تنفيذا لقرار رئيس مجلس الوزراء بمنع التعاقدات حيث يؤثر بالسلب علي النظافة العامة ومكافحة العدوي وجودة الخدمات المقدمة .

6.   عدم تامين المنشات الصحية والتعدي علي اعضاء الفريق الطبي من قبل الخارجين علي القانون مما يعوق ويؤثر سلبا علي اداء الخدمات الصحية المقدمة للمريض ويزيد من روعهم .

7.   عدم ملائمة برامج التدريب المتاحة لمواكبة احتياجات المحافظة من التدريب والتعليم الصحي المستمر لعدم وجود مركز تدريب اقليمي داخل المحافظة اسوة ببعض المحافظات الاخري .

8.      القصور في الالتزام والانضباط للفريق الطبي والفريق المعاون وذلك للاسباب الاتية :

ü عدم ربط الحافز بتقييم الاداء .

ü عدم تامين المنشات الصحية .

ü عدم تطبيق الكادر الطبي بالكامل .

9.      كثرة أعطال الأجهزة الطبية والكهروميكانيكية وذلك لعدم كفاءة منظومة الصيانة الطبية والكهروميكانيكية

10. لا يوجد مركز اقليمي متخصص للصيانة بالمحافظة وعدم التزام الشركات المتعاقد معها في القيام بدورها في اعمال الصيانة والتزامها بالمواعيد .

11. نقص في الكوادر الإدارية والقيادية المدربة والتي تعيق سياسة التغيير الي الأفضل .